La muscarina è contenuta in alcuni funghi, come l'Amanita muscaria e in tutti i funghi del genere Inocybe e Clitocybe.
Un avvelenamento da muscarina, che può avvenire per contaminazione di funghi commestibili o per erronea ingestione, è caratterizzato - dal punto di vista sintomatologico - da una forte azione colinergica generalizzata: vomito, diarrea, dolori gastro-intestinali, scialorrea, abbondante sudorazione, miosi, bradicardia, allucinazioni e convulsioni. In tal caso, bisogna intervenire tempestivamente con un antagonista dei recettori muscarinici per bloccare l'eccessiva attività del parasimpatico, prima che si determini un danno a livello epatico e renale; si può ad esempio intervenire con atropina-solfato per via endovenosa.