La gastrite atrofica è un processo infiammatorio cronico della mucosa dello stomaco. La conseguente perdita della componente ghiandolare sovverte la normale funzionalità gastrica; così, in presenza di gastrite atrofica, si assiste alla graduale comparsa di ipocloridria ed acloridria, con dispepsia e disordini gastrointestinali associati ad ipergastrinemia, deficit o mancata secrezione di pepsinogeno e fattore intrinseco. In assenza di un adeguato trattamento, inoltre, possono sopraggiungere, soprattutto nell'anziano, anemia perniciosa ed iperomocisteinemia per carenza di vitamina B12. In presenza di gastrite atrofica, il rischio di carcinoma gastrico è inoltre aumentato, specie quando la malattia ha origini autoimmuni.
La gastrite atrofica può essere causata dalla flogosi gastrica cronica - come quella Helicobacter pylori dipendente - o avere un'origine autoimmune. Nel primo caso, la gastrite atrofica si focalizza all'antro per poi
estendersi a tutta la mucosa (gastrite atrofica multifocale); invece, quando è dovuta ad anticorpi anomali che aggrediscono le cellule parietali dello stomaco ed il fattore intrinseco (gastrite atrofica autoimmune), coinvolge elettivamente il fondo ed il corpo. 
Entrambe le forme sono statisticamente correlate ad una maggiore incidenza di cancro allo stomaco; in quella autoimmune è più frequente anche l'associazione con tiroidite di Hashimoto, tireotossicosi, mixedema, morbo di Addison e diabete di tipo I.
Il danno alla mucosa gastrica è dovuto all'azione delle "tossine" batteriche o all'operato dei suddetti anticorpi; tra le due forme, risulta più marcato nella gastrite atrofica autoimmune.
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