La Β-ossidazione è l'insieme dei processi che hanno luogo sul carbonio in Β al carbonile.
Il primo enzima del processo è l'acil coenzima A deidrogenasi che si trova sulla membrana mitocondriale interna e ha come cofattore il FAD che si riduce a FADH2 e cede il suo potere riducente al coenzima Q (catena respiratoria); tale enzima catalizza la reazione che da un acil coenzima A, porta alla formazione dell'enoil coenzima A (più precisamente il trans 2,3 enoil coenzima A) che è un sistema α-Β insaturo (alchene). Il secondo enzima della b-ossidazione è l'enoil coenzima A idratasi che converte l'enoil in L-Β idrossi acil coenzima A; questo enzima è assolutamente stereospecifico per l'isomero L-Β idrossi acil coenzima A.
La reazione successiva è catalizzata dalla L-Β idrossi acil coenzima A deidrogenasi (enzima NAD dipendente) che converte il L-Β idrossi acil coenzima A in b-cheto acil coenzima A; contemporaneamente avviene la riduzione del NAD+ a NADH.
Infine, interviene una tiolasi (b-cheto acil coenzima A tiolasi); la reazione necessita anche di un agente litico rappresentato dal coenzima A: si forma un frammento a due atomi di carbonio (cioè l'acetil coenzima A) e il rimanente scheletro carbonioso rappresenta un acil coenzima A (rispetto a quello di partenza ha perso due atomi di carbonio).
L'acil coenzima A ottenuto con la Β-ossidazione, ripete il processo finchè non si ottiene solamente acetil coenzima A.
Regola quasi assoluta: quando la deidrogenazione avviene tra due atomi adiacenti con netta differenza di affinità elettronica, il cofattore dell'enzima deidrogenasi, è quasi sempre il NAD, mentre, se la deidrogenazione si ha tra due atomi adiacenti tra cui c'è poca differenza di affinità elettronica, il cofattore è il FAD.
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